段祺瑞的表情很复杂，他并不在乎徐树铮拿他的话当耳边风，反认为这是耿介忠心的一种表现。不过，对张作霖他确实下不了手，此人至少表面上对他很尊敬，执弟子之礼甚恭，今天将人家骗到自己官邸，说杀就杀，传出去可不好听。别看段祺瑞杀人如麻，但是他不喜欢背后捅刀子，他认为这不符合军人作派。过去他对袁世凯很佩服，惟独就是看不惯老袁心计太多，暗刀子伤人。

但是，他也不能强行阻止徐树铮，否则就有了胳膊肘向外弯的嫌疑，而且，他身边人都知道徐树铮说一不二的脾气，不见得就会罢手。正在为难之际，张作霖已经前来赴约，见了段祺瑞，他满面春风，又是打揖，又是问候，神态恭敬得很。

段祺瑞却是板起了脸，大声呵斥道：“你不回你的东北，来北京干什么?去，去，去。”

张作霖一愣神，回头再看看徐树铮那满脸的杀气，已经明白是怎么回事了。他从心里感谢老段对他的手下留情，也不停留，当即找了个借口溜之乎也。

眼看着张作霖死里逃生，徐树铮脸色煞白，他知道放跑了像张作霖这样的强敌意味着什么。“大事休矣!妇人之仁，有时是会坏大事的。”他不满地望了段祺瑞一眼。

段祺瑞脸红了一下，没办法，这是他的性格，在人情纠缠时，他往往缺少杀伐决断，有时候会感情用事。对张作霖如此，对徐树铮也是如此。

果然如徐树铮所料，脱险后的张作霖很快与直系的曹锟、吴佩孚联合起来，向皖系宣战。段祺瑞在北洋系中一向很有威信，做事也不那么赶尽杀绝，因此大家也不好意思与他撕破脸，于是打着“清君侧”的名义，说只要罢免了小徐子，一切都好谈。

“什么话?让小徐子走?亏他们想得出。我这个做长官的，连自己手下人都保护不了，今后谁还愿意跟我。打!打败了也值。”其时，段祺瑞并没有做好战争准备，但他不愿屈服。这场战争的结果可想而知，段祺瑞输得惨不忍睹，灰溜溜宣告下野。徐树铮在他面前长跪不起，痛哭流涕:“都是树铮害了总理，万死莫赎其罪。”

“起来，起来。”段祺瑞连忙扶起徐树铮，“你对我忠心耿耿，何罪之有?他们哪里是赶你一人走，找个借口而已。”

徐树铮因直皖战争失败，被列为十大祸首之最，被悬赏10万元通缉，四处流亡。即使是这样，他还与孙中山在广西会面，筹组孙、段、张反直同盟，为段祺瑞重新执政而效劳。而段祺瑞战败之后，坚持不离开北京，左右随从力劝，但他暴跳如雷地叫道:“要走你们走!我不走，我倒要看看他们能把我怎么样!”他在北洋系中的地位和影响不可低估。曹锟和吴佩孚当然不敢怎么样，曹锟和张作霖还派人去段府慰问他，吴佩孚甚至亲自登门，对段以“老帅”相称。

虽然说东山再起，但好景不长，段祺瑞终于对政治烦心了，从此一走了之。远离政治，闭门修经。

第二次直奉战争之后，纷争并没有结束，张作霖、冯玉祥都对中央政权虎视眈眈，但谁都自认掌不了这个盘子，一商量，段祺瑞的资历是没得比的，再说他现在手上没有军队，是个假老虎，不满意可以随时换了他，因此一致推举他为中华民国临时执政，一身而兼总统总理职。徐树铮不久后也回到北京。但有徐树铮在旁边，就容不得让段祺瑞只做个傀儡，因此他活动了好几个省的督军，如孙传芳、齐燮元等等，都是实力派，发起什么直皖奉大联盟，北洋派大团结，拥段祺瑞为惟一领袖。