段祺瑞接到任命，他就去袁世凯处表示感谢。

袁世凯摆摆手：“自家人不说别家话，此事我应该做，不提也罢，你今天来得正好，去前线替我将冯国璋换下来。”段祺瑞大吃一惊，这冯国璋在前线打得不错，已经攻下汉阳，正准备一鼓作气拿下武汉三镇呢。

“姓冯的是个粗人，不懂政治。”袁世凯正私下里和武昌方面及孙中山的同盟会进行南北和谈，南方提出只要建立共和，废除清朝，这大总统一职就非袁莫属;与此同时，袁世凯也在和朝廷讨价还价，以优待皇室为条件，取消帝制。

段祺瑞点点头，他明白了。从此后，他的每一步行动，都合着袁世凯的节拍，一个唱文戏，一个唱武戏。

然而这大清国毕竟立国有二百多年了，所谓祖宗基业，隆裕太后虽然是一介女流，但也懂得心疼，整天是哭哭啼啼，能拖一日是一日。袁世凯心中着急，却不好使蛮，就指使段祺瑞来做恶人。段祺瑞领衔发出通电，要溥仪小儿尽早逊位，那话说得不客气之至，全没有一点君臣情分。

段祺瑞的威胁让隆裕太后花容失色，她早就听说这个姓段的很蛮横，很不讲面子，如果真的动起粗来，那将不堪设想。在各方面的压力下，1912年2月13日，清帝正式宣布逊位。袁世凯如愿以偿地成为民国临时大总统。论功行赏，段祺瑞得到内阁中最重要的陆军总长一职。

但袁段之间的矛盾也就此开始。

矛盾由徐树铮而引发。那一天，段祺瑞向袁世凯提交了陆军次长的名单，袁世凯一眼刷过徐树铮的大名，眉头顿时皱了起来:“这个姓徐的面冷气傲，眼中带煞，怕不是个安分守己的人。”提议换个人选。但段祺瑞坚持：“小徐对大总统很忠心，也很能干，这陆军次长一职很适合。”

袁世凯脸上不动声色，心中却在琢磨:“这段祺瑞并不简单，他也掂得出徐树铮的价值，知道收揽人才。”

袁世凯与段祺瑞的矛盾在慢慢加深，袁世凯精明过人，事必躬亲，恨不得大事小事全部抓在手中；段祺瑞则是个直性子，军人做派，不习惯那种唯唯诺诺，拍马逢迎，因此凡陆军部的事，都是自己说了算。袁世凯对此心知肚明。决定先剪除段祺瑞的得力臂膀徐树铮，非如此，姓段的不会安分。

袁世凯将段祺瑞唤到了中南海，两人沿着湖边看风景，袁世凯试探着道:“不少人对陆军部的做派很看不惯，都说徐树铮那小子盛气凌人，我看是不是给他挪个地方。”

没想到段祺瑞立刻就蹦将起来：“可以，大总统是一国之主，想撤谁都行，我这个陆军总长连着小徐子的那个次长也一齐撤了吧。”说完，转身就走。

望着段祺瑞的背影，袁世凯气得直哆嗦，这也太没规矩，太没尊卑上下了：“不像话，很不像话。”这句话他重复了不知多少遍。但袁世凯却强咽下这口气，段祺瑞在目前还有不可替代的作用，因为他的强横做派，从不遮遮掩掩，迷信武力，在关键时候，很能起作用。

当时，副总统黎元洪仍滞留武汉，控制着湖北地区，具有强烈的政治象征和军事战略意义，这当然让袁世凯很不安，几次催黎来京就职，但黎元洪就是不上当，你有千变万化，我有一定之规，给你来个老虎不出笼。

见袁世凯为此事伤透脑筋，段祺瑞主动请命，说保证将黎元洪请来北京。